Tijdens de tweede wereldoorlog heeft de stad zwaar onder vuur gelegen. In mei 1940 werd een groot deel van het centrum verwoest door eigen artillerie, die de Duitsers vanaf de Grebbeberg had bestookt.
Vrijdag 17 mei keerden de eerste bewoners in tien schepen huiswaarts, de volgende dag nog eens eenzelfde gedeelte van de bevolking, en op maandag 20 mei werden de overige 5000 Wageningers met schepen teruggevaren.

Tal van huizen en winkels waren verwoest of ernstig beschadigd. Een telling gaf aan: 112 panden geheel verwoest, 70 panden ernstig beschadigd, 74 panden hadden schade van betekenis en 128 panden waren licht beschadigd. Samen circa 400 panden, dat was een zesde deel van het totaal. De Grote Kerk was een ruïne: alleen de muren en torenromp stonden nog overeind. Verloren gingen o.a. het Politiebureau, de RK-pastorie, de Doopsgezinde Kerk, de Joodse Synagoge, de school in de Parkstraat, drukkerij Veenman en drukkerij Zomer en Keuning.

Bronnen: Wageningen 1940 – 1945, Wagezine